Botāniskajā krājumā ir vairāk nekā 31 000 vienību. Katru gadu muzeja speciālisti to papildina ar Latvijas sistemātisko augu herbāriju un pakāpeniski rada pilnīgu kolekciju. Nozīmīga ir nesen izveidotā Latvijas sūnu kolekcija. Turpinās mieturaļģu herbārija vākšana.
Kopš 1988. gada tiek vākta un regulāri pilnveidota Latvijas sēņu kolekcija (fungārijs).
Botāniskā un mikoloģiskā krājuma papildināšana galvenokārt norisinās vasarā, kad tiek ievākti, pētīti un apstrādāti materiāli.
Šajā rakstā iespējams ielūkoties botāniskā un mikoloģiskā krājuma vākšanas procesā.
Pirmais solis - materiāla ievākšana dabā
Otrais solis - ievāktā materiāla noteikšana, sagatavošana kaltēšanai un apstrāde
Kolekciju uzglabāšana, regulāra apstrāde un pētniecība